Maciej Prus urodził się 9 listopada 1937 roku w Samborze. Wczesną młodość spędził w Bielsku-Białej, gdzie w 1954 r. zdał egzamin maturalny w Liceum im. M. Kopernika. W 1961 r. ukończył studia na Wydziale Aktorskim Państwowej Wyższej Szkoły Teatralnej w Krakowie, a w 1968 r. zdobył dyplom Wydziału Reżyserii Państwowej Wyższej Szkoły Teatralnej w Warszawie.
W latach 1965–68 pracował jako aktor i asystent reżyser Wandy Laskowskiej w Teatrze Narodowym w Warszawie. Jako reżyser zadebiutował w 1968 r., inscenizując "Pierwszy dzień wolności" Leona Kruczkowskiego w Bałtyckim Teatrze Dramatycznym w Koszalinie-Słupsku.
Na początku lat 70. Maciej Prus realizował spektakle w warszawskim Teatrze Ateneum i Teatrze im. Wojciecha Bogusławskiego w Kaliszu, gdzie w latach 1970-72 był zatrudniony jako etatowy reżyser. W latach 1974–76 artysta powrócił do Krakowa, gdzie pracował jako reżyser w Starym Teatrze. W sezonie 1977/78 Prus był kierownikiem artystycznym i reżyserem Teatru Muzycznego w Słupsku, a w latach 1980–82 pełnił funkcję kierownika artystycznego Teatru Wybrzeże w Gdańsku.
W drugiej połowie lat 80. reżyser był związany przede wszystkim z Teatrem Studio im. S.I. Witkiewicza w Warszawie i łódzkim Teatrem im. Stefana Jaracza. W latach 1990-93 pełnił funkcję dyrektora artystycznego Teatru Dramatycznego w Warszawie.
Maciej Prus miał na swoim koncie wiele inscenizacji operowych, m.in.: "Straszny Dwór" Stanisława Moniuszki, "Don Giovanniego" Wolfganga Amadeusza Mozarta, "Króla Rogera" Karola Szymanowskiego, "Fidelia" Ludviga van Beethovena, "Eugeniusza Oniegina" Piotra Czajkowskiego.
Za swoje dokonania artystyczne został odznaczony Srebrnym i Złotym Krzyżem Zasługi, wręczono mu także m.in. Odznakę "Zasłużony Działacz Kultury", Srebrny Medal "Zasłużony Kulturze - Gloria Artis" i Nagrodę im. Cypriana Kamila Norwida w kategorii teatr za reżyserię spektaklu "Madame de Sade" w Teatrze Narodowym w Warszawie.